湾区内部发展不平衡，协同发展进展缓慢。一方面，珠三角内部城市经济发展的差距明显，两极分化仍在扩大。2022年，深圳和广州GDP规模占珠三角的比例超过58.5%，2013年这一比例是56.3%;排名后五位的中山、惠州、江门、珠海、肇庆GDP规模占珠三角的比例只有18.7%，2013年这一比例是20%。另一方面，珠三角和港澳的融合有待提高。主要是珠三角和港澳的融合进入深水区，规则衔接在执行过程中缺乏操作先例，具体的事项还在探索中，制度红利向经济优势的转换还不明显。
产业结构：第二产业占比触底回升，转型升级面临瓶颈
珠三角是中国制造业生产的主要地区之一，但第二产业并不占据主导优势;香港和澳门第三产业占绝对主导地位。2022年，珠三角九市第二产业的增加值为4.3万亿元，占珠三角GDP的41.5%;第三产业增加值为5.9万亿元，占地区GDP的56.8%，第三产业占比较第二产业高出15.3个百分点。2021年，香港第三产业增加值为2.1万亿元，占香港GDP的93.6%;澳门第三产业增加值为1829.6亿元，占澳门GDP的92.3%;港澳第三产业占据经济的绝对主导地位。
吸引了华为入驻的东莞无疑是最大赢家，华为产业链上下游的大量企业也纷纷入驻东莞。东莞的第二产业占比由2014年的45.9%升至2022年的58.2%，增加12.3个百分点。惠州、肇庆、江门虽然第二产业体量较小，但一直在积极融入深圳的产业链。比如，惠州引入深圳的新能源、激光等企业在本地设厂，肇庆引入深圳的跨境电商企业入驻本地，江门引入深圳的新能源、智能装备等企业在本地设厂。近年来，深圳不再盲目推进“腾笼换鸟”，而是强调夯实制造业家底，珠三角其他城市想要进一步发展，关键还是在于能否融入深圳的产业链生产环节之中，区位优势和生产成本优势是招商引资的关键。
2023年一季度，广州、惠州、东莞工业增长面临较大压力。如图4所示，2023年一季度，深圳、广州、佛山、东莞、中山、惠州、江门、珠海、肇庆的规模以上工业增加值增速分别为4.5%、-5.8%、6.3%、-5.1%、4.2%、1.0%、4.1%、6.0%和5.7%。广州、惠州、东莞的工业增长面临较大压力，主要是广州的汽车和电子制造业、惠州的电子制造业、东莞的电子制造业增长乏力。一方面，今年以来，由于汽车购置税减半政策到期退出以及需求低迷，油车销量不振，对广汽的冲击较大;另一方面，由于美国对中国芯片行业的打压层层加码以及电子消费需求不足，惠州和东莞的电子制造业受到较大冲击。
制造业转型升级受到内外压力同时制约。一是外部压力较大，美国对中国高新技术产业的打压制约湾区制造业的转型升级。如图5所示，珠三角九市先进制造业和高新技术产业占第二产业的比例在2019年至2021年间没有明显的提升，
