第一阶段，19世纪80年代-20世纪40年代，属于云南咖啡产业本土化的开端。法国传教士在云南朱苦拉村种下第一棵咖啡树，打破了云南省咖啡种植的空白，也揭开了我国咖啡豆产业本土化历程的序幕。
第二阶段，20世纪50年代-80年代中，处于大规模种植阶段。为满足苏联的咖啡供应需求，云南开始大规模种植咖啡豆，云南农垦成为大规模种植的“带头人”，保山市潞江坝建成了我国第一个小粒种咖啡生产和出口基地。但是直到80年代中期，云南咖啡豆产业仍然处于萌芽阶段，产业链配套仍不完善。
第三阶段，20世纪80年代末-2013年，处于规范化种植阶段。这一时期的特点主要有三个：第一，改革开放带动国内咖啡市场发展，消费者对于咖啡的需求不断增长。第二，随着雀巢、星巴克等国外咖啡巨头采购云南咖啡豆，它们提供的国际标准和市场要求推动云南咖啡豆产业走向规范化种植。在该阶段中，云南咖啡豆主要以速溶咖啡的产品形态融入国际咖啡市场供给体系。第三，云南当地政府开始大力扶持咖啡豆产业的发展，本土咖啡豆品牌涌现，云南咖啡豆在国内咖啡豆产业中处于主导地位。
第四阶段，2014年至今，处于精品化转型阶段。2014年云南咖啡交易中心(后更名为“云南国际咖啡交易中心”)的成立是云南咖啡豆开始进行精品化转型的标志。云南当地政府愈加重视咖啡豆产业的高质量发展，推出了更多政策鼓励提高精品率、精深加工率等，云南省也采取了诸多的市场策略来推广精品咖啡。与此同时，逐步崛起的云南咖啡豆在国内外的知名度日益提高吸引了更多连锁咖饮品牌的布局。
总体来看，目前云南咖啡豆产业链已经相对完善，后续将朝着品质化、品牌化、产业升级等方向发展。
1.规模：种植面积和产量占全国98%，国内咖啡豆看云南
全球咖啡豆品种可分为三大原生种，即阿拉比卡(小粒种)、罗布斯塔(中粒种)和利比里卡(大粒种)。阿拉比卡还可细分为埃塞俄比亚原生种、铁皮卡、波旁、卡蒂姆、瑰夏等多个品种。云南省种植最广泛的咖啡豆品种是阿拉比卡，因此云南咖啡也被称为“小粒咖啡”。而在阿拉比卡的细分品种中，云南省则主要种植卡蒂姆、铁皮卡、波旁。
卡蒂姆由罗布斯塔衍生下的蒂姆品种咖啡树和阿拉比卡衍生下的卡杜拉品种咖啡树杂交而来。其优势是可以密集种植、抗病性强、价格低，因此在20世纪末在云南被推广种植，成为雀巢、星巴克等采购的主要品种，也是迄今为止云南省种植最广泛的咖啡豆品种。但卡蒂姆品质相对低，多用于制作速溶咖啡，其加工烘焙环节相对简单。云南咖啡豆因此被冠以廉价、快速生产、低品质等标签。
虽然品质相对高的铁皮卡最先被引入云南，但其抗病虫能力和产量都较低，因此没有被大范围种植。近年来，咖饮消费市场需求的持续增长促使一些庄园和基地开始种植铁皮卡品种，以提升高品质咖啡豆的供应能力。
2022年，云南省农科院热经所成功孕育出咖啡豆新品种“云咖RJS1号”(铁皮卡后代)和“云咖RJS2号”(波旁后代)，标志着云南本土培育的咖啡豆新品种问世。两个新品种杯测分值分别达到86.25分、86.75分，创造了国产咖啡豆的最好成绩，也为云南咖啡产业良种更新换代和精品化发展奠定了良好基础。但本土咖啡豆新品种从育种成功到量产，最少需要5年的时间，消费端要真正感受到中国咖啡豆的味道尚待一些时间。
总体来看，云南咖啡豆的种植面积和产量均占据了全国总种植面积和产量的98%
